Avatar nous entraîne dans un univers spectaculaire qui repousse les limites de notre imagination. Un héros malgré lui se lance dans une aventure épique qui le conduira à se battre pour sauver un monde lointain ; un monde qu'il finira par considérer être le sien.
Nous découvrons ce monde lointain à travers le regard de Jake Sully, un ancien marine immobilisé dans un fauteuil roulant. Malgré sa paralysie, Jake est resté un combattant au plus profond de son être. Il est recruté pour se rendre à des années-lumière de la Terre, sur Pandora, où de puissants groupes industriels exploitent un minerai rarissime destiné à résoudre la crise énergétique sur Terre. Parce que l'atmosphère de Pandora est toxique pour les humains, ceux-ci ont créé le Programme Avatar, qui permet à des « pilotes » humains de lier leur esprit à un avatar, un corps biologique commandé à distance, capable de survivre dans cette atmosphère létale. Ces avatars sont des hybrides créés génétiquement en croisant l'ADN humain avec celui des Na'vi, les autochtones de Pandora.
Sous sa forme d'avatar, Jake peut de nouveau marcher. On lui confie une mission d'infiltration auprès des Na'vi, devenus un obstacle trop conséquent à l'exploitation du précieux minerai. Mais tout va changer lorsque Neytiri, une très belle Na'vi, sauve la vie de Jake. Ce dernier est alors recueilli par son clan, et à travers de nombreuses épreuves et aventures, il va apprendre progressivement à devenir l'un des leurs. Alors que la relation entre Jake et la réticente Neytiri s'approfondit, Jake en vient à respecter le mode de vie des Na'vi et finit par trouver sa place parmi eux.
Reste pour lui à affronter l'ultime épreuve en les menant dans une bataille épique qui devra sceller le destin de tout un monde.