Amy Lynn Lee grandit à Little Rock en Arkansas, avec ses trois sœurs Bonnie, Carrie et Lori, et son frère Robbie. En 1986, la vie d'Amy Lee bascule une première fois : sa petite sœur Bonnie, âgée de trois ans, décède d'une maladie inconnue. Amy, qui n'a alors que six ans, est profondément marquée par cette disparition ; les titres Hello et Like You seront d'ailleurs composés en l'hommage de Bonnie. La chanteuse exprime à travers les paroles son mal de vivre, et le vide laissé par sa défunte sœur.
Lors d'une colonie de vacances, alors adolescente, Amy Lee rencontre le guitariste Ben Moody. Celui-ci, envouté par la voix et le talent de pianiste de la jeune fille, lui propose de rejoindre son groupe. Le groupe Evanescence est né.
Amy Lee fut également la petite amie de Shaun Morgan, le chanteur du groupe Seether. Ils ont notamment chanté ensemble la chanson Broken, dans lequel elle dit qu'elle va mal loin de lui, et que son rire lui manque terriblement. Amy a vécu avec lui une rupture très difficile, car Shaun était alcoolique. Elle a pu lui faire savoir toute sa haine envers lui, et tout ce qu'elle n'a pu lui dire dans la chanson Call Me When You're Sober, qui figure dans l'album " The open door" .
Depuis le 6 mai 2007, Amy Lee est mariée à Josh Hartzler, un psychiatre américain^[1].
En 2007, elle chante la chanson Freak on a Leash avec le groupe KoЯn sur l'album live acoustique Unplugged. Elle reprend la chanson Thoughtless, du même groupe, sur leur album live Anywhere But Home.
Amy Lee vit à présent à New York avec son mari.
Elle donne des informations sur le départ de John et Rocky sur le forum du site officiel du groupe.
Le 13 octobre 2008 elle interpréta en live au Tonight Show en compagnie de Tim McCord (guitariste d'Evanescence) une nouvelle version de la chanson Sally's Song (disponible dans l'album Nightmare Revisited).